Gromacs(ver. 5.1.4)をMacBookpro にインストールしてみた

条件

OS X El Capitan (Version 10.11.6)
MacBook Pro
Processor 2.6 GHz Intel Core i7
Memory 8GB 1600 MHz DDR3

http://manual.gromacs.org/documentation/5.1.4/install-guide/index.html に従いインストール。

(1) 本家よりgromacs-5.1.4.tarをダウンロード

(2) ~/workspace/ で展開した。よってgrimacesのホームは~/workspace/gromacs-5.1.4/

(3) cd workspace/gromacs-5.1.4

(4) mkdir build

(5) cd build

(6) cmake ..  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DGMX_MPI=on

— Build files have been written to: /Users/my_home/workspace/gromacs-5.1.4/build と出た。

(7) make

(8) make check

(9) sudo make install

(10) source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

できた。

追記:

which gmx_mpi でgmx_mpiへのソースというかパスがどこにあるか確認。
/usr/local/gromacs/bin/gmx_mpi
Macportsでもgmx_mpiをなぜか入れてて、新しくターミナルを開けるとそっちにパスが言ってしまうので、次の1行をホームの.bashrcに加えた。

echo  “source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC” >> ~/.bashrc
そして更新した。
source ~/.bashrc

追記2:
ラボの据え置きMacではなぜかmake checkでこけた。よくわからんでいじくりまわして、
どうやらMPICHの環境がcompatibleでないっぽい。そこで、Macportsでopenmpiを入れて、
sudo port install openmpi-gcc5

mpiがopenmpi-gcc5-fortran意味することをシステムに認知させ(←業界では正しくはどういう表現をするのかがわからなくてぎこちなくなった…)
sudo port select –set mpi openmpi-gcc5-fortran

さらに~/.bashrcに以下のような行を書き加えて、
export DYLD_LIBRARY_PATH=/opt/local/lib/openmpi-gcc5
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/local/lib/openmpi-gcc5

export
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/local/lib:/usr/lib/:/usr/local/lib:/usr/local/bin

上記の(4)-(8)をやり直したらうまく言った。

poissondd について

日々感じたことを書いていこうと思います。 テーマは分子エレクトロニクスから、MemristorのBehavioral modelまでいろいろ。
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